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發起人
WARS分子演化研究 沒有證據跟蛇有關係
17 個回應
香江19

盲眼的尼安德塔石器匠

【WARS分子演化研究,沒有證據跟蛇有關係】

1. 武漢病毒新的遺傳分析
2. 目前沒有證據,宿主跟蛇有關
3. 去你媽的有病還在高雄亂跑

《台灣俄羅斯石虎一家親?解讀粒線體演化樹》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/223975308

〖冠狀病毒的親戚關係〗

先講新的正經研究好惹,一隊中國科學家,上傳惹新的武漢病毒研究初稿,尚未同儕審查正式發表,不過應該能看。作者們主要好像是武漢實驗室的人馬,希望他們沒事兒。

冠狀病毒是 RNA 病毒。目前「正式」名字是「2019新型冠狀病毒」、「2019-nCoV」,不過一般都稱作武漢病毒、武漢肺炎,我覺得 WARS 最能展現出智人的敬畏。

論文中取樣到的 WARS,5 個樣本,彼此的遺傳序列幾乎一模一樣,可以推論,它們是最近來自同一個起源。

WARS 的親戚當中,會感染人類的還有 SARS 和 MERS。武漢病毒與 SARS 比較相似,兩者的 RNA 序列有 79.5% 一致。至於已知和武漢病毒長最像的親戚來自蝙蝠,高達 96% 一致。

這個論文建構的演化樹,是第三個圖。5 個 WARS、1 個最接近的蝙蝠病毒以紅色標示,一共 6 條紅色被歸類為一群。

合理的推論是,武漢病毒 WARS 原本的宿主是蝙蝠,後來獲得感染人類的能力。至於從蝙蝠到智人之間,是否有中間宿主,可能有,可能沒有,目前不清楚。

對分子演化有興趣的話,這邊可以順便了解一件事:病毒之間的相似度,未必和致病能力有關。有時候只是少數關鍵位置的改變,就會導致很大的影響。WARS 似乎就是如此。

《演化樹怎麼長出來,怎麼看?》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/223567524

〖WARS 的感染方式〗

SARS 感染智人,有個基因 ACE2(全名 Angiotensin converting enzyme II)非常關鍵。這個論文推論,WARS 也是靠著 ACE2 感染人類細胞。

體外細胞株的實驗指出,沒有 ACE2 受器的細胞,不會被感染,但是有 ACE2 的細胞會被感染。

好消息是,假如 SARS 和武漢病毒的進攻機制類似,之前研發針對 SARS 的藥物,有機會直接應用到新的病毒。

尚未正式發表的論文草稿《Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin》:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v2


#good2#6    #bad#1  
標籤:
〖兩種以上冠狀病毒,遺傳重組形成 WARS〗

接下來講比較複雜的東西。武漢病毒的基因組上,有些地方經歷過遺傳重組(recombination),也就是和其他病毒交換過一整段 RNA 片段。

可以看第一個圖,作者是格拉斯哥大學的 David L Robertson。假如把 WARS 整個基因組拆開,各段分別畫演化樹的話,可以發現,有一段跟大家竟然不一樣。

舉例,假設有 A、B、C 三種病毒,AB 遺傳上比較像,那麼三者畫演化樹,應該是 AB 歸為一群,C 在外頭。

但是假如 B 曾經由 C 取得一段基因組,那麼即使 B 整體上仍然和 A 最相似,只看那一段做的演化樹的話,卻會是 B 和 C 被歸在一起,A 反而比較不像。

Robertson 比對已知樣本後,發現 WARS 基因組上比較奇特的那一段,確實和其他款的蝙蝠冠狀病毒最相似。由遺傳序列判斷,或許有 3 款病毒涉及其中,它們情慾流動這樣那樣後,誕生惹武漢病毒。

也就是說,武漢病毒並非完全是一代一代垂直演化的結果,有一部分基因組是由同類水平轉移而來。因此,光是整個基因組的演化樹,其實不能完全反映它的演化來歷。

由於可能牽涉其中的 3 款病毒品系,都在蝙蝠發現,Robertson 猜測重組應該是在蝙蝠體內發生。

David L Robertson 的分子演化討論串:
http://virological.org/t/ncovs-relationship-to-bat-coronaviruses-recombination-signals-no-snakes/331

https://upload.cc/i1/2020/01/26/VnbLQC.png
https://upload.cc/i1/2020/01/26/abN9pi.png
https://upload.cc/i1/2020/01/26/W6xeO5.png


〖錯誤百出的蛇論文〗

另外一隊中國科學家,前天正式發表一個序列分析的論文,同樣發現武漢病毒經歷過重組,還下結論認為,介於蝙蝠與智人之間的中間宿主是蛇。

這是一篇從技術到意圖都差勁透頂的論文。

這個論文發現 WARS 經歷過遺傳重組,這件事是對的。但是根據 Robertson 的分析,他們搞錯惹基因組上斷點的位置,所以依此發展的推論都是錯的。

他們的分析認為,WARS 基因組上源自重組的那一段,與致病能力有關,而且已知樣本中找不到符合的來源,所以是 WARS 與未知的神秘病毒情慾交流後,發展出致病能力。這是錯的。這是錯的。這是錯的。

事實上,WARS 所有的序列,都可以在 Robertson 舉出的那三款蝙蝠病毒基因組上見到。

序列分析失誤,在所難免,一般不是死罪,但是下一個錯誤就很惡質惹。這群中國科學家竟然下結論說,蛇是中間宿主。這是錯的。這是錯的。這是錯的。

很多新聞採訪的專家,都否定蛇是中間宿主的論點,不過大家在媒體上講話都很體面,事實上這個推論就是垃圾。


〖codon usage bias 不是那樣用的!〗

我不知道是研究病毒的人不熟演化,研究演化的人不熟病毒還是怎樣,這夥人竟然用「codon usage bias」去判斷宿主 XDDDDDDDDDD

什麼是 codon usage bias?一共有 64 種密碼子,卻只有 20 個氨基酸,所以有些時候,DNA(或 RNA)層次上的密碼子改變,氨基酸仍然不變。意思是,同樣的氨基酸序列,可以有不同的 DNA 密碼子記錄。

比方說有 4 種密碼子,會對應到同一種氨基酸,每種密碼子出現的機率似乎是 4 分之 1;可是有時候密碼子不是隨機分佈,不同生物、不同基因,同一種氨基酸會特別傾向使用某些密碼子,這就叫作「密碼子利用偏好 codon usage bias」。

各種 codon usage bias 有不同的原因,也不見得一定有 codon usage bias。理論上,寄生於某種生物的病毒,假如自己的 codon usage bias 和宿主類似,應該能帶來一些繁殖與感染上的優勢,但是這只是理論。

重點是,不可能光靠病毒的 codon usage bias 一個指標就判斷宿主!哪來的天才這樣做,又是哪來的天才讓這種垃圾發表!!

這個論文說,武漢病毒的 codon usage bias 不像蝙蝠,跟蛇最像,所以認為蛇是宿主。但是他們顯然不知道,或是知道也刻意不說,SARS 和 MERS 的 codon usage bias 也是跟蛇最像!!!

SARS 和 MERS 會感染蛇嗎??全世界都知道 SARS 的中間宿主是果子狸。這群病毒的 codon usage bias 就是剛好跟蛇類似,不行嗎?!

天呀,到底是什麼想趁亂出風頭的心態,才會搞出這種紙上談兵的垃圾論文,還有期刊會收啊!!!!

好吧就這樣,大家小心不要感染 WARS。防疫真的考驗社會的各個層面,是說我覺得高雄舞小姐超強的,向她致意。

假如對病毒與宿主的 codon usage bias 有興趣,可以看看這個論文:
《Codon usage bias and the evolution of influenza A viruses. Codon Usage Biases of Influenza Virus》
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2148-10-253

北歐心科學 NordicHearts 的整理:
https://www.facebook.com/NordicHearts/photos/a.1587022474873748/2526200600955926

胡亂說蛇的北七論文《Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus 2019-nCoV may boostcross-species transmission from snake to human》
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jmv.25682

中國科學家的質疑《质疑:蛇是武汉新型病毒的中间宿主吗?》:
http://zhishifenzi.com/depth/depth/8101.html

https://www.facebook.com/865377433554715/posts/2833731340052638/?d=n


透過 HKG 分享一則貼文:北歐心科學 NordicHearts:《新型人類冠狀病毒演化小知識》
https://forum.hkgolden.com/thread/7174760/page/1


【時事台】[2018]類SARS病毒致廣東2萬頭豬暴亡 武漢病毒研究所成員發表論文
https://forum.hkgolden.com/thread/7174907/page/1

【時事台】法助建武漢病毒實驗室 法媒:憂中共製化武.且屢違諾
https://forum.hkgolden.com/thread/7175444/page/1

【時事台】英國DailyMail:中國頂級病毒實驗室在武漢 武漢肺炎爆發的中心
https://forum.hkgolden.com/thread/7174330/page/1

【時事台】武漢病毒居然和中共軍方舟山蝙蝠病毒E蛋白100%相似意味著什麼?
https://forum.hkgolden.com/thread/7172853/page/1

【時事台】中國首個P4實驗室武漢P4實驗室運行:可研究最危險病毒
https://forum.hkgolden.com/thread/7165831/page/1


共匪化武


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?

我都唸過,佢好似係連內臟都響入面。


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?

唔好用正常人角度諗
對生番黎講茹毛飲血係好平常


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?

我都唸過,佢好似係連內臟都響入面。

連內臟一齊煲,成煲湯咪好腥?點飲得落口?_?


好複雜 冇興趣睇篇野


好複雜 冇興趣睇篇野

咁都複雜?[sosad]


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?

我都唸過,佢好似係連內臟都響入面。

連內臟一齊煲,成煲湯咪好腥?點飲得落口?_?

我個人就覺得嗰啲蝙蝠湯相有啲假


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?

我都唸過,佢好似係連內臟都響入面。

連內臟一齊煲,成煲湯咪好腥?點飲得落口?_?

我個人就覺得嗰啲蝙蝠湯相有啲假

華人食肉,一定係劏清同去毛

原隻煲湯嗰啲係帛琉嘅飲食


透過 HKG 分享一則貼文:●帛琉黑色美食「水果蝙蝠湯」 蝙蝠猙獰露牙死得太冤了
https://forum.hkgolden.com/thread/7176058/page/1


共匪化武

搵條向左走向右走Hi出嚟吹話蛇係中間宿主,轉移視線[photo]

不如tweet 果張蝙蝠湯俾WHO 睇吓 #yup#

其實我都想問一個問題:蝙蝠湯啲相,隻蝙蝠仲咁多毛嘅,乜煲湯前唔係應該清晒啲毛先嘅咩?_?

我都唸過,佢好似係連內臟都響入面。

連內臟一齊煲,成煲湯咪好腥?點飲得落口?_?

我個人就覺得嗰啲蝙蝠湯相有啲假

華人食肉,一定係劏清同去毛

原隻煲湯嗰啲係帛琉嘅飲食

即係啲圖係假架啦#hehe#


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