調藥小遊戲總共準備 11 種不同類型。投入什麼素材,以及玩家在小遊戲中的表現,都會影響最後完成的藥物,因此即使製作相同用途的藥,也可能出現品質上的差異。對於不擅長這類玩法的玩家,遊戲也準備自動調藥功能。不過不會每製作一次藥物就重新玩一次小遊戲。隨著遊戲進行,玩家逐漸熟悉調藥後便能跳過小遊戲,系統重點也會開始轉向素材本身的組合與特性。
《鍊金工房》的經驗導入《藥師少女的獨語》遊戲化
由於本作同樣由長年開發《鍊金工房》系列的 GUST 打造,現場也直接詢問,這次的調藥系統是否活用了《鍊金工房》的開發經驗。製作團隊表示,《鍊金工房》的調合本來就是系列核心玩法,因此過去多年累積的開發經驗,活用在《藥師少女的獨語 ~真假皇弟~》之中。
近年的《鍊金工房》尤其重視透過圖像,讓玩家直覺理解品質、效果以及素材特性之間的關係,同樣延續此設計方向。但《藥師少女的獨語》面對的不一定都是熟悉《鍊金工房》的玩家,因此不直接用原本的調合玩法,而是希望玩家第一次看到調藥時,就產生「看起來簡單而且好玩」的印象。
製作團隊進一步解釋,如果遊戲一開始就直接屬性圖交給玩家,玩家即使知道讓數值往特定方向變化會得到更好的藥,也未必知道該如何做到,需要花時間建立對素材與系統的知識。調藥學習過程中。玩家最初先透過直覺的小遊戲理解自己正在如何製藥,等逐漸習慣流程並累積一定程度的知識後,小遊戲就可以跳過。
到了這階段,玩家能開始研究投入哪些素材可以讓雷達圖往理想方向發展,進一步追求更高品質的成品。希望前期足夠容易理解,但隨著玩家累積知識與經驗,後面仍然能發現調藥更深入的部分。

調藥品質會影響推理、任務與角色友好度
製作團隊表示,玩家製作的藥物並非只會作為推理證據使用。遊戲中準備角色劇情以及各種任務,這些內容同樣可能需要玩家調配出的藥物,且「品質」本身具有實際影響。
例如部分推理要求玩家製作的藥物必須達到一定品質,如果品質不足,就可能無法順利完成相關推理;任務則會按照品質影響最後取得的報酬,而在角色劇情中交付品質更好的藥物,也能提高更多友好度。並影響推理、任務以及角色交流等不同內容。
採藥到破案,是推理必經的過程
實機展示為了方便介紹而調整了展示順序,但製作團隊也特別說明,實際遊戲中的流程會將這些系統串在一起。玩家首先必須在各地探索並取得素材,再利用這些素材調製所需要的藥物,接著前往事件現場展開調查。
事件現場本身會在遊戲中完整重現,玩家可以直接走進案發場所,以游標調查不同位置取得線索;除了現場留下的物證之外,也可以詢問事件相關人物,從對方口中取得證詞與其他情報。找到的線索與證據都會被記錄下來。等到必要情報蒐集完成後,玩家還必須先進行情報整理,把自己得到的資訊重新組織起來,最後才正式進入推理,找出整起事件的真相。